分子筛是由四面体之间通过共享顶点而形成的三维四连接骨架。骨架 T原子通常是指Si、Al或P原子，在少数情况下是指其他杂原子，如B、Ga、Be等， 这些四面体是构成分子筛骨架的最基本结构单元，即初 级结构单元。在这些四面体中，Si、Al和P等都以高价氧化态的形式出现，采取sp3杂化轨道与氧原子成键，Si—0平均键长为1. 61人，Al—平均键长为1. 75A, P—0平均键长为1.54入。
在分子筛结构中，每个T原子都与四个氧原子配位，每个氧原子桥连两个T原子，因此，分子筛的结构类型可以用连接来表示。 但在某些分子筛结构中，如在A1P04-21和VPI-5中，存在着五配位或六配位的A1原子，它们除了与四个桥氧配位外，还与额外物种OFT或H20配位。 忽略这些额外物种，这些分子筛的骨架具有理想的拓扑连接。
分子筛骨架中Si04四面体为电中性，A104带有一个负电荷，P04带有一个正电荷。因此，由Si04和A10一四面体构成的硅铝酸盐分子筛具有阴离子骨架结构。骨架负电荷由额外的阳离子平衡。硅铝酸盐分子筛的化学通式 为:A（Sio2）（ALO2）x•mH20［1］(A:阳离子，价态为n)，阳离子和吸附水位于孔道中。由［A104］-和［P04］+四面体严格交替构成的磷酸铝分子筛AlP04-nM骨 架具有电中性，不需要额外的阳离子来平衡骨架电荷，只有吸附水或模板剂分子存 在于孔道中。
在通常情况下，分子筛的结构遵循Lowenstein规则，即四面体位置上的两个铝原子不能相邻。与此类似的是，在磷酸盐及取代的磷酸盐(4; 2)-连接的骨架 结构中，铝不能与二价或三价金属原子相邻，磷不能与硅或磷原子相邻。
